A Ferrovia Paulista SA (FEPASA) foi uma empresa de estradas de ferro brasileira que pertencia ao Estado de São Paulo, embora sua malha se estendesse por Minas Gerais até Araguari, tendo também um ramal que terminava na cidade de Sengés, no Paraná. Foi extinta ao ser incorporada à Rede Ferroviária Federal no dia 29 de maio de 1998.
A idéia da FEPASA surgiu a partir dos primeiros ensaios em 1962, com uma mensagem do governo do estado de São Paulo encaminhada à Assembléia Legislativa, propondo a unificação das ferrovias paulistas por medida de ordem econômica pois havia cinco ferrovias diferentes e estatais no estado. Foi rejeitada e em 1966 reencaminhada sendo novamente rejeitada pela Assembléia Legislativa.
Em 1967, o governador Abreu Sodré deu o primeiro passo ao transferir para a Companhia Paulista de Estradas de Ferro para a administração da Estrada de Ferro Araraquara S/A, e para a Companhia Mogiana de Estradas de Ferro, a administração da Estrada de Ferro São Paulo e Minas.
Em seguida, o governador através de decretos datados de 19 de setembro de 1969, transformou todas as ferrovias de sua propriedade em sociedades anônimas, a exemplo do que já ocorria com a Companhia Paulista e Companhia Mogiana.
A consolidação da unificação das ferrovias vai ocorrer no governo de Laudo Natel, quando este através do decreto nº 10.410, de 28.10.1971, sancionou a criação da nova empresa, oficializando, a FEPASA - Ferrovia Paulista S/A.Para solucionar conflitos de caráter jurídicos trabalhistas , o Estado criou a Lei Número 200 ,de 13 de maio de 1974 (publicada dia 15 de maio de 1974), respeitando assim as LEIS que concediam , e, exigiam , direitos e deveres,aos empregados do Estado de São Paulo.
Ao invés de ocorrer uma fusão entre todas as companhias, como preceituava a letra da lei, foi decidido em Assembléia Geral Extraordinária convocada para o dia 10 de novembro de 1971, alterar previamente a denominação social da "Companhia Paulista de Estradas de Ferro" para "FEPASA - Ferrovia Paulista S.A.", seguido de incorporação à FEPASA do acervo total da Companhia Mogiana de Estradas de Ferro, da Estrada de Ferro Araraquara S/A., Estrada de Ferro Sorocabana S.A. e Estrada de Ferro São Paulo e Minas. As quatro companhias foram declaradas extintas e tiveram incorporados os seus respectivos acervos à FEPASA.
Em 02 de janeiro de 1998, a FEPASA foi federalizada e incorporada integralmente à RFFSA - Rede Ferroviária Federal S.A., que foi homologado, após a autorização dada pela Assembléia Geral Extraordinária ocorrida em 29 de maio de 1998. Com isso, o trecho correspondente a malha ferroviária da antiga Ferrovia Paulista S/A, passa a se chamar de Malha Paulista.
Com o leilão de concessão da Malha Paulista, ocorrido no dia 10 de novembro de 1998, na Bolsa de Valores de São Paulo, foi vencedor o consórcio ligado à FERROBAN - Ferrovias Bandeirantes S/A, concessão essa por um período de 20 anos renováveis em igual prazo, a partir de 01 de janeiro de 1999, quando assumiu o controle do trecho paulista. Com o tempo, a FERROBAN teve seu controle indireto assumido pela América Latina Logística, em vista da operação de incorporação de ações da holding Brasil Ferrovias à ALL.
A holding governamental RFFSA foi dissolvida, de acordo com o Decreto nº 3.277, de 07 de dezembro de 1999, entrando em liquidação, iniciada em 17 de dezembro de 1999, por deliberação da Assembléia Geral dos Acionistas, conduzida sob responsabilidade de uma Comissão de Liquidação, com o seu processo supervisionado pelo Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão, através do Departamento de Extinção e Liquidação – DELIQ.
A parte da malha ferroviária da Fepasa utilizada para o transporte suburbano nas regiões Oeste e Sul da Grande São Paulo permaneceu sob controle do Governo do Estado de São Paulo através da CPTM (Companhia Paulista de Trens Metropolitanos).
